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Mars in our lab es un proyecto educativo desarrollado en el IES Zaidín Vergeles de Granada en colaboración con la EEZ, el IACT y el IAA, centros del CSIC. Su propósito es el estudio astrobiológico de Marte en el entorno escolar.

domingo, 26 de marzo de 2023

Efecto de los suelos sobre el desarrollo de las plántulas de Arabidopsis

Hemos dejado crecer Arabidopsis en placas con controles y con extractos de suelo RZV y del volcán Etna. Los resultados son los que se observan en la imagen. Hay tres controles en los que solo había agua y agar (gelificante), dos placas con medio de cultivo adicionado con agar, dos placas con extracto de suelo RZV (se preparó dejando dos días 30 gramos de suelo en 200 ml de agua) y dos placas con extracto de suelo del Etna (se preparó del igual modo).
¿Que podemos decir de la simple observación de las placas? ¿Haya diferencias entre el crecimiento de las raíces en placas con agua y con medio de cultivo? ¿Cómo afectan los suelos al desarrollo de las plantas? 



Efecto de los microorganismos sobre la germinación y desarrollo de Lactuca (imágenes finales)

El experimento con Arabidopsis para comprobar el efecto de los microorganismos sobre la germinación y desarrollo de las plántulas no ha llegado a buen fin pues las semillas estaban contaminadas. El crecimiento de microorganismos alrededor de ellas hace que no podamos extraer conclusiones al respecto. En el caso de las plantas de lechugas las imágenes finales son las que se muestran abajo. Recordemos que estas semillas se han desarrollado durante 13 días.

Controles en medios de crecimiento sin clorato (arriba) y con clorato (abajo).

Cultivos con Planococcus rifitoensis sin cloratos en el medio (arriba) y con cloratos (abajo).

Cultivos con Pseudomonas xanthomarina  sin cloratos en el medio (arriba) y con cloratos (abajo).

Cultivos con Peribacillus simples  sin cloratos en el medio (arriba) y con cloratos (abajo).

¿Podemos sacar algunas conclusiones de la observación de las placas con los cultivos? ¿Qué efectos tienen los cloratos en general sobre las plántulas? ¿Y las bacterias? ¿Afecta alguna positiva o negativamente al desarrollo de las plantas? ¿Revierte alguna los efectos del clorato potásico? Compartid las conclusiones en los comentarios.


lunes, 20 de marzo de 2023

Efectos de los suelos sobre el desarrollo de Lactuca (II)

Dado el estado de crecimiento de las plántulas de lechugas, vamos a analizar los resultados a las dos semanas de iniciar el experimento. Por tanto, veremos cómo se han desarrollado las plantas durante dos semanas. Hemos tomado las imágenes que se muestran a continuación y se han recolectado las plantas, se han pesado todas las de cada lote y se han congelado. Más adelante valoraremos practicar con ellas algunas determinaciones bioquímicas para ver si los distintos suelos afectan al contenido nutricional de las plantas. 

El estado de las plantas se muestran en las imágenes siguientes:

Lechugas cultivadas en medio con agua y agar.
Lechugas cultivadas en medio nutritivo y agar.

Lechugas cultivadas en extracto de suelo RZV agar.

Lechugas cultivadas en extracto de suelo del Etna con agar

Las placas con Arabidopsis están aún poco desarrolladas y dejaremos pasar al menos una semana más para valorar resultados. Pero mientras podemos analizar los resultados con Lactuca. ¿Observamos diferencias en el estado de desarrollo? Dejad vuestras valoraciones en los comentarios.

sábado, 18 de marzo de 2023

Efecto de los microorganismos sobre la germinación y crecimiento de las plantas

Las plantas que pusimos en el experimento para ver el posible efecto de las bacterias sobre la germinación y el desarrollo han comenzado a germinar, al menos las correspondientes a las semillas de lechuga. A pesar de llevar pocos días, ya se pueden leer algunos resultados. Se incluyen imágenes de las placas, tal y como estaban el viernes 17 de marzo.

El aspecto de las lechugas es el siguiente:

A la izquierda placas control con medio TSA y solución nutritiva. A la derecha placas con clorato potásico 0,1 M.
A la izquierda, placas con TSA y solución nutritiva gelificada. A la derecha TSA y solución nutritiva con clorato potásico. Placas inoculadas con Planococcus rifietoensis.
A la izquierda, placas con TSA y solución nutritiva gelificada. A la derecha TSA y solución nutritiva con clorato potásico. Placas inoculadas con Pseudomonas xanthomarina.
A la izquierda, placas con TSA y solución nutritiva gelificada. A la derecha TSA y solución nutritiva con clorato potásico. Placas inoculadas con Peribacillus simplex.

El aspecto de las placas con las semillas de Arabidopsis se muestra a continuación.

Controles: Arabidopsis en placas sin clorato potásico (izquierda) y con clorato (derecha)

Arabidopsis en placas sin clorato potásico (izquierda) y con clorato (derecha) inoculadas con Planococcus rifietoensis.

Arabidopsis en placas sin clorato potásico (izquierda) y con clorato (derecha) inoculadas con Pseudomonas xanthomarina. 

Arabidopsis en placas sin clorato potásico (izquierda) y con clorato (derecha) inoculadas con Peribacillus simplex.

¿Observamos diferencias entre los cultivos en las distintas situaciones experimentales? ¿Podemos ir sacando algunas conclusiones? Dejas vuestras apreciaciones en la sección de comentarios.

Efecto de los suelos sobre el desarrollo de las plántulas

Nuestras plantas siguen creciendo. A los 11 días de haberlas sembrado en las placas de Petri, el aspecto que presentan es el que muestran las imágenes de abajo. Finalizaremos este aspecto cuando transcurran las dos primeras semanas, al menos para las lechugas, que han crecido bastante mejor. Pero lo que debemos ir viendo es si se aprecian diferencias entre los distintos tratamientos, solo agua, solución nutritiva diluida, y solución nutritiva diluida con extractos de suelos RZV y del volcán Etna. No solo es importante el aspecto final, también es interesante ver  cómo se van desarrollando, pues se puede dar la circunstancia de que algún tratamiento afecte en las fases iniciales del desarrollo, pero que luego la planta se reponga y todas se equiparen. La tarea, por tanto, es analizar las placas con los cultivos, hacer comparaciones entre aquellas con las mismas plantas, y ver si hay algún efecto.

Lactuca sativa

Plántulas crecidas en agar y agua.

Plantulas crecidas en medio de cultivo gelificado con agar.


Plantas crecidas en medio de cultivo diluido en extracto del suelo RZV

Plantas crecidas en medio de cultivo diluido en extracto del suelo RZV


Arabidopsis thaliana

Plántulas crecidas en agar y agua (superiores) y agar con medio (inferiores). 

Comparación entre las plántulas crecidas en medio con agar y las crecidas en medio con extracto RZV.

Comparación entre las plántulas crecidas en medio con agar y las crecidas en medio con extracto de suelo del Etna.

martes, 14 de marzo de 2023

¿Tienen efecto los microorganismos efecto sobre las plantas en medios con cloratos? Diseño experimental (II)

 

 

El segundo bloque de experimentos lo vamos a llevar a cabo en macetas que prepararemos con placas de Petri pequeñas. Haremos tres lotes, uno que usaremos como control con tierra del huerto del instituto; en un segundo lote, las placas se rellenarán con nuestro análogo de suelo marciano, RZV. Por último, el tercer lote estará preparado con material procedente del volcán Etna. En cada placa prepararemos 20 gramos de suelo. Todas las muestras están formadas por granos del mismo tamaño; la selección se ha hecho pasándolos por un tamiz.

El suelo procedente del huerto será esterilizado mediante autoclavado durante 15 minutos a 121ºC. El objetivo será inactivar las semillas de modo que no puedan germinar y no den lugar a confusión. El análogo RZV procede de muestras que se han tratado con peróxido de hidrógeno para eliminar la materia orgánica y que igualmente se ha esterilizado, en este caso para eliminar los microorganismos. La muestra procedente del volcán Etna no será tratada, unicamente triturada para obtener un tamaño de grano similar.

En cada uno de los lotes, a una placa se le añadirá agua; a otra se le añadirá el mismo volumen de una solución de clorato potásico 0,1M; tres placas se inocularán cada una de ellas con cada una de las bacterias a ensayar (Planococcus rifitoensis, Pseudomonas xanthomarina, Peribacillus simplex) y se regarán solo con agua. Por último, las tres últimas placas se inocularán cada una de ellas con las mismas bacterias y se les añadirá el mismo volumen de solución de clorato potásico.


lunes, 13 de marzo de 2023

¿Tiene efecto nuestro análogo de suelo marciano sobre el desarrollo de las plantas?

El primer experimento de nuestro proyecto ha consistido en valorar el posible efecto de los suelos volcánicos sobre el desarrollo de Arabidopsis y Lactuca. Nos iba a servir, además, para aprender a sembrar nuestras plantas en placas de Petri.  Preparamos cuatro lotes de placas con los siguientes medios:

1. Agua + agar 1,5%.
2. Solución nutritiva para plantas + agar 1,5 %.
3. Extracto de nuestro análogo de suelo marciano RZV + agar al 1,5%. El extracto se preparó dejando 30 gramos de suelo en 200 ml de agua durante dos días.
4. Extracto de material volcánico del volcán Etna (amablemente proporcionado por Giovanni Poggiali) + agar al 1,5%, preparado de igual modo que el anterior.

Sobre estos medios se sembraron las plantas, 8 semillas en el caso de las placas con Arabidopsis y 6-7 en el caso de las lechugas.

A la semana de iniciar el experimento, las placas muestran el aspecto que indican las imágenes de abajo.

Arabidopsis thaliana

Plántulas de Arabidopsis crecidas en agua gelificada con agar.

Plántulas de Arabidopsis crecidas sobre solución nutritiva para plantas gelificada con agar

Desarrollo de Arabidopsis sobre extracto del análogo de suelo marciano RZV

Desarrollo de Arabidopsis sobre extracto de suelo volcánico del Etna

Lactuca sativa

Plántulas de Lactuca crecidas en agua gelificada con agar

Plántulas de Lactuca crecidas sobre solución nutritiva para plantas gelificada con agar

Desarrollo de Lactuca sobre extracto gelificado con agar del análogo de suelo marciano RZV

Desarrollo de Lactuca sobre extracto gelificado de suelo volcánico del Etna

Nuestro objetivo es mantener el cultivo de las plantas durante otra semana más. Pero hasta entonces podemos ir haciendo una valoración provisional de los resultados. ¿Observamos algunos efectos de los suelos sobre Arabidopsis o las lechugas? ¿Es igual la respuesta en ambas plantas? Hay algún aspecto a destacar en las imágenes de las placas?

Esperamos vuestras respuestas en la sección de comentarios.



¿Tienen los microorganismos efectos sobre las plantas en medios con cloratos? Diseño experimental (I)

El objetivo de nuestro proyecto es estudiar el efecto de determinadas bacterias aisladas durante el curso anterior en función de su carácter de resistencia a la presencia de clorato potásico en el medio sobre la germinación y el desarrollo de las plantas. En nuestro caso, concretamente Arabidospis thalianaLactuca sativa, la lechuga. Los microorganismos que se aislaron fueron identificados como Planococcus rifietoensis, Pseudomonas xanthomarina y Peribacillus simplex. En una primera fase se va a estudiar en cultivos en placas de Petri con medios de cultivo, mientras que en una segunda se hará sobre pequeñas macetas con diversos tipos de tierra.

Puesto que en una misma placa cultivaremos bacterias y plantas, usaremos dos medios diferentes en la misma placa. Los resultados previos, en este sentido,  indican que el medio en el que cultivamos las bacterias (TSA, triptona de soja y caseína con agar) impiden la germinación de Arabidopsis y dificulta el desarrollo de las lechugas. Y los medios que usamos para las plantas, pobres en nutrientes, probablemente no sean adecuados para los microorganismos.  

Prepararemos las placas tal y como se indica en la imagen que nos ha proporcionado Manuel Espinosa. Colocaremos las placas inclinadas y depositaremos sobre ellas 5 ml de medio TSA. Lo dejaremos solidificar. Seguidamente colocaremos las placas en disposición horizontal y rellenaremos la placa con 15 ml de medio para plantas. Para los cultivos de Arabidopsis utilizaremos un medio específico (Murashige and skoog basal mixture, MS) suplementado con glucosa al 0,5%; para las lechugas, un medio nutritivo para plantas. A la mitad de las placas se les añadirá clorato potásico hasta alcanzar una concentración 0,1 M.

El desarrollo experimental es el que muestra la imagen siguiente, repetido para cada una de las plantas.

 
Se prepararán dos placas, preparadas como se ha descrito antes, que se usarán como control, en la que únicamente se colocarán las plantas. En otras dos placas con medio de cultivo más clorato potásico 0,1M  igualmente se colocarán las semillas. Comparando ambos lotes de placas, podremos valorar el efecto del clorato sobre las plantas.

Para estudiar el efecto de los microorganismos sobre la germinación y desarrollo de las plantas se van a inocular las placas con las bacterias en el otro extremo de la placa, tal y como se muestra en la figura anterior. Solo se inoculará una estría que ocupe media placa, una vez a la derecha y otra a la izquierda. De esta manera, si los microorganismo generan algún producto que difunda por el medio y que favorezca o dificulte el crecimiento de las raíces, podríamos observar a éstas dirigirse o evitar a los microorganismos. Si, por el contrario se tratase de un volátil, no se observarían diferencias. Un lote será con medio sin clorato y podremos ver el posible efecto de los microorganismos sobre las plantas. Otro será en medio adicionado con clorato potásico; este nos permitirá comprobar si las bacterias tienen algún efecto sobre el clorato del medio, e indirectamente sobre el crecimiento de las plantas.

sábado, 11 de marzo de 2023

Comenzamos los experimentos

En días anteriores tuvimos una sesión del proyecto en la que resumimos los que hemos llevado a cabo durante estos años, pero para entender qué vamos a investigar este año es necesario hacer un breve repaso de lo estudiado durante el curso anterior. 

Marte es un planeta con unas condiciones que lo hacen impracticable para la vida, al menos tal y como la entendemos. Sus bajas temperaturas así como su tenue atmósfera, hacen muy difícil la existencia de agua líquida, fundamental para la vida. Una posibilidad para que existiese agua líquida es que formase parte de salmueras, soluciones salinas concentradas de sales como cloratos y percloratos que reducen el punto de congelación del agua. Dicho de otro modo, podría existir agua líquida a temperaturas por debajo de los 0ºC. Pero estas sales son muy tóxicas para los seres vivos dado su carácter oxidante.

Por todo lo anterior, nuestro proyecto fue aislar e identificar de suelos terrestres bacterias que pudiesen crecer a concentraciones elevadas de estas sales, en nuestro caso de clorato potásico. Esto nos permitiría, por un lado, conocer posibles candidatos a vivir en Marte y, por otro y más importante, ver la posibilidad de que estas bacterias pudieran facilitar el crecimiento de plantas en el planeta rojo. Los resultados del curso anterior fueron el aislamiento y la identificación mediante secuenciación genética y posterior consulta en bases de datos genómicas de cuatro estirpes de microorganismos resistentes a esta sal.

En estos días hemos iniciado la fase puramente experimental del proyecto, cuyo objetivo principal va a ser si esos microorganismos tienen algún efecto favorable sobre el crecimiento de plantas en un ambiente marciano, bien porque ellas mismas sean capaces de producir factores que lo estimulen o bien porque sean capaces de eliminar cloratos del medio y por tanto de reducir la toxicidad de los suelo. Esto incluso podría ser de interés para nuestro planeta por la cada vez más preocupante salinización de los suelos por el cambio climático. 

Para ello vamos a utilizar dos tipos distintos de plantas. Una con valor nutritivo, la lechuga (Lactuca sativa), y la otra, Arabidopsis thaliana, una planta modelo en estudios de biología vegetal, perfectamente conocida y cuyo genoma ha sido secuenciado. Y sobre ellas estudiaremos el efecto de nuestros microorganismos en medios con clorato potásico. Usaremos cultivos in vitro, realizados en placas de Petri con medios específicos tanto para las plantas como para las bacterias, e in vivo, es decir, con pequeñas macetas. De todo esto iremos dando información en entradas siguientes.

Pero para ir adquiriendo destreza en el uso de las semillas y de las plantas, hemos comenzado con unos experimentos previos. Estos van a ir encaminados a ver la posible toxicidad de los suelos, per se, sobre la germinación de las plantas. Y para ello hemos preparado medios de cultivo con agua procedente del lavado de suelo volcánico; para ello hemos puesto 30 gramos de nuestro suelo RZV y de suelo del volcán Etna, amablemente cedido por Giovanni Poggiali, en 200 ml de agua. Tras varios días, con ese agua hemos preparado los medios correspondientes. Y sobre placas de Petri con estos medios hemos procedido a sembrar las semillas en las placas.

Las semillas de lechuga, aunque pequeñas, se pueden manipular con relativa facilidad con pinzas. Sin embargo, las de Arabidopsis, de unas 50-60 micras de diámetro han requerido una técnica especial. Las tomábamos de un tubo epperdorf, donde se encontraban en suspensión, con una micropipeta automática y las depositábamos sobre las placas de Petri con el medio. En la imagen podemos vera nuestro compañero Kenta realizando el procedimiento.

Una vez sembradas, las dejamos germinar a temperatura ambiente y con un ciclo de luz/oscuridad de 16/8 horas respectivamente. Esperaremos resultados.

Publicados los resultados de nuestro proyecto

 En estos días ha salido publicada la revista de la Estación Experimental del Zaidín que recoge los resultados de los proyectos desarrollado...